Ele foi condenado pela Justiça a ressarcir aos cofres públicos o valor de R$ 41.868,40, gasto para pagar indevidamente uma servidora comissionada que trabalhava há seis anos como empregada doméstica em sua residência.
A decisão proferida pelo juiz Eldsamir Mascarenhas atende pedido formulado pelo promotor de Justiça Gilber de Oliveira em uma ação civil pública por ato de improbidade administrativa ajuizada contra o prefeito em 2008.
Na ação, Joaquim Cunha foi acusado pelo Ministério Público de, além de utilizar servidor comissionado para trabalho doméstico, ter contratado para cargos de confiança e em comissão servidores que não exercem funções de chefia, direção ou assessoramento e de ter efetuado pagamentos aos comissionados em valores superiores aos previstos em lei.
O juiz decretou a indisponibilidade dos bens do ex-prefeito.